Переходим по следующему адресу в админке.
/bitrix/admin/update_system.php?BX_SUPPORT_PROTOCOL6=Y
В конец параметра BX_SUPPORT_PROTOCOL вместо 6 ставим текущее число, иначе магия не сработает.
После запуска будут перезагружены все файлы модулей тукущих версий.